เชื้อรากลุ่มใดกลุ่มหนึ่งที่อาศัยอยู่ในลำไส้สามารถป้องกันอาการบาดเจ็บที่ลำไส้และมีอิทธิพลต่อพฤติกรรมทางสังคมได้ ผลการวิจัยได้ขยายขอบเขตการทำงานที่เพิ่มขึ้นโดยระบุแกนภูมิคุ้มกันสมอง ซึ่งเป็นระบบส่งสัญญาณที่อาจมีผลกระทบในวงกว้างต่อสรีรวิทยาทั้งด้านสุขภาพและโรค ซึ่งไม่เพียงได้รับอิทธิพลจากเซลล์ของร่างกายเท่านั้น แต่ยังรวมถึงถิ่นที่อยู่ด้วยจุลินทรีย์

ชุดสัญญาณระดับโมเลกุลที่เชื่อมโยงเชื้อราในลำไส้กับเซลล์ของโฮสต์ทั่วร่างกาย รวมถึงเซลล์ภูมิคุ้มกันและเซลล์ประสาท เราได้เชื่อมโยงโดยตรงระหว่างวิถีทางภูมิคุ้มกันที่สำคัญที่เกิดจากเชื้อราในเยื่อบุลำไส้และสัญญาณในระบบประสาทที่ส่งผลต่อพฤติกรรมของสัตว์ เยื่อบุลำไส้จะต้องสมดุลความต้องการที่ขัดแย้งกัน การดูดซับน้ำและสารอาหารจากอาหารในขณะที่ทำหน้าที่เป็นอุปสรรคในการป้องกันไม่ให้จุลินทรีย์จำนวนมากในลำไส้บุกรุกกระแสเลือด จากการตรวจสอบระบบนี้ในแบบจำลองหนู นักวิทยาศาสตร์ได้แมปตำแหน่งของเชื้อราต่างๆ ภายในลำไส้ และพบว่ากลุ่มเชื้อราที่มีลักษณะเฉพาะมีแนวโน้มที่จะสะสมที่บริเวณเฉพาะใกล้เยื่อบุผิวของลำไส้หรือเยื่อบุ ซึ่งบ่งชี้ว่าสายพันธุ์เหล่านี้ได้ตั้งรกรากอยู่ในลำไส้และ มีปฏิสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับเซลล์เยื่อบุผิวที่อยู่ใกล้เคียง